Veľrybia pieseň rozpráva príbeh Vincenta, mladého vráskavca .S pomocou niekoľkých priateľov musí prekonať rad prekážok a zažiť nečakané dobrodružstvá, aby objavil svoju vlastnú magickú pieseň, s ktorou môže zachrániť oceán a život v ňom.
Vincent, dospievajúci vráskavec, je synom slávneho posledného veľrybieho speváka, ktorý až do samého konca chránil oceán a jeho obyvateľov. Keď Vincent tragicky stratí otca a matku, musí zaujať ich miesto a pokračovať ako ochranca podmorského života so svojou vlastnou magickou piesňou. Je však príliš vystrašený, osamelý a neistý. Keď Netvor Leviathan unikne z topiacej sa ľadovej kryhy a začne ohrozovať všetok morský život svojím smrtiacim atramentom, Vincent musí nájsť svoju vlastnú pieseň, aby túto hrozbu zastavil. Stále je však ochromený pochybnosťami o sebe samom a namiesto toho sa vydáva na nebezpečnú cestu do najhlbšieho miesta na dne oceánu, aby priviedol svojich rodičov späť z mýtickej Hviezdnej tône. Jeho poslednou nádejou je, že jeho otec konečne dokáže poraziť Leviathana za neho.
S pomocou svojho kamaráta štítovca Waltera a odvážnej kosatky Darii musí Vincent odolať svojim strachom, prekonať často neočakávané prekážky a naučiť sa mnoho tajomstiev oceánu. Predovšetkým však musí nájsť svoju vlastnú pieseň, ktorá mu pomôže zachrániť život v oceáne.